明治十年,剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨,甫至此地,便因与几个S扰年轻女子的外国士兵发生争端,且因此结识了正直的武士时雨泷魁,他们很快成为好朋友。
时Z治格局仍动荡不安,诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者,明治以前,他曾是佐幕派彰义队的领袖之一,其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下,而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。
造物弄人,让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击Z府的行动。而另一方面,野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……为了获的强大的力量,有人与暴龙的基因融合;为了得到风一样的速度,有人与老鹰的基因融合,结果,他们的双臂就可以在他们的意识操纵下,变成两只肉翅,可以轻易飞上天空,还有许多其它基因改造出来的基因改造人。