故事承接第一部结尾，自从森林王子莫格利（海利·乔·奥斯蒙 Haley Joel Osment配音）据说有一颗星球上没有异能，也没有古武技和新武学，机甲也没有，但它那里关于基因的研究远远领先于其它的星球，在那颗星球上，就盛行着一种匪夷所思的基因改造人。认识了人类女孩珊迪（梅·惠特曼 Mae Whitman配音），便随她一同居住在人类村庄中。然而离开丛林生活的莫格利，却在新的环境里异常想念他的动物朋友们，尤其是待他非常好的黑熊巴洛（约翰·古德曼 John Goodman配音）。来自远方森林的召唤，让莫格利决定重新回到森林的怀抱中去。然而从前自由自在的森林生活，此刻却变得危机重重。老冤家老虎希瑞·坎（托尼·杰伊 Tony Jay配音）正在酝酿一场复仇计划。
